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 En analogía con lo que para Zea sucedió en Francia con Comte, la nueva doctrina buscaba desmantelar el radicalismo de las tesis que habían llevado a esa nueva clase al poder, y buscaba justificar el nuevo orden. Si seguimos la interpretación que Zea hace de la filosofía de Comte y la llevamos hasta el pensamiento positivista de Barreda, entonces también Barreda detenta tesis reaccionarias y contrarevolucionarias, como lo hacía el propio Comte. Pero, ¿qué es una doctrina adecuada perfectamente para justificar al poder instaurado o que se busca instaurar sino una ideología? Podríamos decir, aunque Zea no lo diga, que Barreda fue un ideólogo del poder. Eso parece estar sugerido en la interpretación de Zea. Pero nosotros no estamos tan seguros de que sea así.

 El liberalismo en política había ya demostrado, pensaban algunos, su incapacidad para llevar a cabo, paradójicamente, el programa social y económico liberal. Quizá fue resultado de percibir como grave y potencialmente peligrosa la situación política y social, lo que permitió que Porfirio Díaz se mantuviera en el poder y lo que hizo que muchos positivistas asintieran definitivamente con el régimen dictatorial. O quizá fueran intereses personales y de clase los que se ocuparon de legitimar y apoyar al régimen de Díaz. Lo que sí es claro, es que muchos de los argumentos que los positivistas llamados “científicos” esgrimían a favor del porfiriato y contra sus detractores, casi todos liberales, eran en aras de un desarrollo pacífico y progresivo en lo material, como condición previa de la libertad política. Otro argumento muy recurrido y claramente influido por la filosofía spenceriana, era que el pueblo mexicano no había alcanzado aún el estadio evolutivo apropiado para gobernarse democráticamente y que el régimen porfirista se encargaba precisamente de prepararlo para su ulterior etapa, la de la libertad política.

 El segundo factor es el cambio de horizonte filosófico, pasando del comtiano al spenceriano-darwinista. No podríamos decir sin más que el intenso deber y compromiso social que fundaba el positivismo de Comte fuera suplantado por un individualismo exacerbado, de tipo evolucionista, sustentado por Herbert Spencer. Por el contrario, el patriotismo que los positivistas mexicanos perecían hacer derivar de las tesis sociológicas de Comte, es constante también en la etapa positivista “científica”, aunque las metas de ese patriotismo, sobre todo en lo referente a la libertad política, fueron entendidas de diversa manera en cada grupo.

Pero a pesar de las diferencias que puedan existir al interior del movimiento positivista mexicano, dicho movimiento quizá debería entenderse como un solo proyecto que fue evolucionando conforme lo hacían las circunstancias en torno a las que reflexionaba. De hecho, los positivistas “científicos” fueron, casi en su mayoría, educados por los primeros positivistas en la Escuela Nacional Preparatoria según el plan de estudios preparado por Barreda y, en buena medida, fueron sus continuadores. Incluso, algunos positivistas “científicos”, como Porfirio Parra, trazan un puente no sólo doctrinal entre los ideales políticos liberales y los conservadores del porfiriato, sino un puente histórico entre la Reforma y el Porfiriato.